Chýbajúce funkcie
Zatiaľ čo PHP 4 prichádza s mnohými vlastnosťami, funkciami a rozšíreniami, môžete zistiť, že niektoré funkcie z verzie 3 chýbajú. Malé množstvo funkcií jadra zmyzlo, pretože nepracujú s novou schémou rozdelenia analýzy a spracovania ako to bolo predstavené v 4 so Zend engine. Iné funkcie a ešte kompletnejšie rozšírenia zastarali, pretože nové funkcie a rozšírenia plnia niektoré úlohy lepšie a/alebo všeobecnejším spôsobom. Niektoré funkcie jednoducho ešte neboli prenesené a, nakoniec, niektoré funkcie môžu chýbať kvôli licenčným konfliktom.
Funkcie chýbajúce kvôli koncepčným zmenám
Keďže PHP 4 teraz oddeľuje analýzu od spracovania, už nie je možné meniť správanie parsera (teraz vloženého v Zend Engine) počas runtime, nakoľko analýza už prebehla. Takže funkcia short_tags() už viac neexistuje. Stále však môžete zmeniť správanie parsera nastavením príslušných hodnôt v súbore php.ini.
Ďalšia vlastnosť PHP 3, ktorá už nie je súčasťou PHP 4, je zbalené ladiace rozhranie. Existuje však menej významná skupina add-onov pre Zend Engine, ktorá pridáva podobné funkčnosti.
Neschvaľované funkcie a rozšírenia
Databázové rozšírenia Adabas a Solid už nie sú. Namiesto nich sa používa pretrvávajúce ODBC rozšírenie.
Zmeneny stav unset()
Funkcia unset() je síce stále dostupná, ale je implementovaná ako jazyková konštrukcia, nie ako funkcia.
To nemá žiadne dôsledky na správanie funkcie unset(), ale testovanie "unset" použitím function_exists() vráti FALSE ako by vrátili aj iné jazykové konštrukcie, ktoré vypadajú ako funkcie, napr. echo().
Ďalšia praktickejšia zmena je, že už sa unset() nedá volať nepriamo, t. j. $func="unset"; $func($somevar) už nebude fungovať.