사라진 함수들
PHP 4는 수많은 새로운 기능, 함수, 확장과 함께 릴리즈되었다. 그러나 버전 3에서 제공되던 함수가 몇개 빠졌다는것을 발견할수 있다. 소량의 핵심 함수는 그 함수들이 젠드가 4로 제공하는 해석과 실행을 분리하는 새로운 구조때문에 사라지게 되었다. 다른 함수와 완벽한 확장까지도 새로운 함수와 확장이 같은 작업을 더 잘수행하고 그리고/또는 좀더 일반화된 방식으로 수행되기 때문에 쓸모없게 되었다. 몇개의 함수들은 단순히 아직 포팅되지 않았고 마지막으로 몇개의 함수와 확장은 라이센스 때문에 사라질수도 있게 되었다.
구조적 변화때문에 사라진 함수들
현재 PHP 4는 실행과 해석을 분리했기 때문에 이미 해석기(젠드 엔진에 내장됨)에 의해 해석이 끝나고 나서 런타임시에는 해석기에 의해 동작을 변경할수 없다. 그래서 함수 short_tags()은 더이상 존재하지 않는다. 그러나 아직은 php.ini 파일에 적절한 값을 설정함으로써 해석기의 동작을 변경할수 있다.
PHP 4의 일부가 아니지만 PHP 3의 또다른 기능은 같이 제공된 디버깅 인터페이스이다. 같은 기능을 추가한 젠드 엔진용의 서드파티 애드온이 존재한다.
지원되지 않는 함수와 확장
Adabas 와 Solid 데이터베이스 확장은 더이상 지원되지 않는다. 대신 단일화된 ODBC 확장이 살아 남았다.